Portofino con i suoi  346 ha, è la terza Area Marina Protetta più piccola Italia.
Il Promontorio di Portofino si inoltra nel Mar Ligure per più di 3 chilometri e si estende lungo la costa per circa 13 chilometri. Le scogliere sommerse del Promontorio di Portofino presentano una fauna ed una flora particolarmente ricca e diversificata. La roccia che forma il versante meridionale del promontorio, ricco di anfratti e fessure, ha favorito l'insediamento di ambienti tipicamente mediterranei, quali la cintura a Cystoseira e la comunità del coralligeno, che mostra caratteristiche raramente osservabili in altre aree. La zona intertidale e subtidale superiore è caratterizzata da ricche comunità macroalgali che supportano un’elevata biodiversità animale. Il coralligeno si trova da 30 a più di 50 metri di profondità e, grazie alla continua costruzione da parte delle alghe calcaree ed  allo scheletro calcareo degli animali, si è formato un ecosistema complesso, dominato da grandi gorgonie, corallo rosso, spugne, coralli duri, e briozoi. Sul fondale sabbioso, lungo le pendici occidentali e orientali del Promontorio, si trovano praterie di posidonia, che ospitano una fauna molto ricca.
Portofino ospita una ricca popolazione di pesci: utilizzando metodi visivi, circa 80 specie sono state individuate di recente. E 'frequentato da molti  pesci, importanti dal punto di vista economico, come ad esempio Dentex dentex, Seriola dumerili, Sphyraena spp, Epinephelus marginatus.
Dal punto di vista geomorfologico, le scogliere di conglomerato sono  uniche in tutto il Mediterraneo.

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L’Area Marina Protetta delle Cinque Terre presenta una straordinaria ricchezza e varietà di piante e  animali, con l'obiettivo di proteggere e accrescere le caratteristiche naturali chimiche e fisiche, e la biodiversità marina e costiera, soprattutto attraverso interventi di recupero ambientale, con la collaborazione delle comunità accademiche e scientifiche.
Le aree di maggiore interesse sono a Punta Mesco e Capo Montenero e includono formazioni di  coralligeno e  grotte.
La facies costituite da Paramuricea clavata e Leptogorgia sarmentosa  sono ben rappresentate.
La riserva, ricca di specie animali e vegetali, è stata istituita per preservare la biodiversità e gli habitat lungo la costa, imponendo norme circa l’uso delle risorse  e le attività svolte. L’AMP Cinque Terre è stata dichiarata patrimonio culturale e naturale da parte dell’UNESCO. I fondali marini sono considerati tra i più vari e ricchi di fauna marina della Liguria.

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L’Area marina Protetta di Tavolara - Punta Coda Cavallo è una zona di protezione speciale per la presenza di diverse specie veramente importanti quali Puffinus yelkouan, (berta minore) ma anche delfini costieri, aragoste, cernie e patelle ferruginee,  e l’invertebrato marino più  minacciato  del Mar Mediterraneo occidentale. L'area marina di Tavolara - Punta Coda Cavallo comprende circa 80 km di coste che sono geologicamente e morfologicamente varie e diverse.

Come l'ecosistema terrestre, anche il sistema sottomarino costiero consiste in un serie continua di diverse associazioni vegetali e animali (biocenosi).  Sul fondale sabbioso e ad una profondità massima di 30-35 m, le praterie di Posidonia oceanica rappresentano un ecosistema ricco e articolato, mentre i pendii ripidi e le scogliere di carbonato, insieme con rilievi isolati (diverse "secche" sono presenti nell’AMP), formano altri ecosistemi, caratterizzati da comunità peculiari della flora e fauna del substrato roccioso.

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La costa di questa AMP è molto articolata; la roccia è stratificata, fratturata con strutture carsiche. I fondali rocciosi del mare intorno all'isola, ripida ed esposta al mare aperto, ospita popolazioni di animali sciafile e ambienti diversi, tra i quali il più importante è il coralligeno.
Le grotte hanno un’importanza fondamentale nell'ecosistema, grazie al loro ruolo di rifugio per molti animali vagili: corvine (Sciaena umbra), la peculiare brotula nera (Grammonus ater), sciami di pesci re di triglie (Apogon imberbis); si distingue tra i molluschi la ciprea mediterranea (Luria lurida), e tra i crostacei il granchio ragno (Herbstia condyliata), il gamberetto meccanico (Stenopus spinosus), la magno sella Scyllarus arctus, la magnosa (Scyllarides latus), il gambero delle rocce (Palaemon serratus) e, nascoste nelle fessure, giovani aragoste (Palinurus elephas).
Tutti i settori dell'isola ospitano specie e habitat meritevoli di tutela che sono sensibili alle attività antropiche.

L’Area Marina Protetta di Bergeggi dedica un’intera sezione del suo sito al progetto RELIFE (vai al sito).